Hal ini tidak terlepas dari pengaruhi Islamisasi di Jawa. Nama kue apem sebenarnya diambil dari bahasa Arab, yaitu afwan yang berarti maaf atau ampunan. Oleh karena makna yang terkandung di dalamnya itu, makanan cemilan ini dihadirkan sebagai simbol permintaan maaf. Meminta maaf yang dimaksud adalah meminta maaf kepada sesama dalam rangka menyambut bulan suci Ramadhan. Biasanya apem mulai nongol bersama makanan-makanan lainnya di masjid atau mushola pada pekan terakhir bulan Sya’ban atau beberapa hari jelang puasa Ramadhan.
Kehadirannya tersebut berkaitan erat dengan tradisi ruwahan yang masih banyak dilestarikan di berbagai daerah di Jawa. Salah satunya adalah di Klaten yang mengenal tradisi ruwahan ini dengan sebutan Sadranan atau nyadran. Tradisi ini sendiri sebenarnya berintikan mengirimkan doa kepada para leluhur yang sudah meninggal dunia. Dalam perkembangannya sesuai dengan pengaruh Islam yang kian massif, tradisi ini ada yang dilaksanakan di makam, tetapi ada pula yang dilakukan di masjid.
Tak sedikit pula yang dilakukan di rumah penduduk, yaitu dengan memilih rumah tertentu untuk menyelenggarakan acara tersebut. Meski tradisi ini berasal dari kepercayaan sebelum Islam masuk di Jawa, dalam perkembangannya setelah Islam masuk di Jawa, doa-doa yang dipanjatkan selama berlangsungnya tradisi tersebut adalah doa-doa Islam.
Di beberapa daerah lainnya di Jawa, makanan cemilan ini juga hadir dalam tradisi megengan. Tradisi ini dilaksanakan jelang bulan Puasa, sama-sama di bulan Ruwah dalam kalender Jawa atau Sya’ban dalam kalender Hijriah, seperti halnya Sadranan. Megengan sendiri berasal dari bahasa Jawa yang berarti menahan. Inti dari tradisi ini adalah peringatan bahwa sebentar lagi bulan Ramadhan akan segera tiba, bulan di mana umat Muslim melaksanakan puasa untuk menahan hawa nafsu dan fokus pada memperbanyak ibadah.
Tradisi megengan sendiri banyak dijumpai di kawasan Jawa Timur dan Jawa Tengah bagian selatan. Keberadaan tradisi tersebut tak terlepas dari penyebaran agama Islam di wilayah tersebut oleh Sunan Kalijogo. Dalam dakwah menyebarkan Islam, Sunan Kalijogo menggunakan metode akulturasi. Pendekatan psikologi budaya dihgunakan, sehingga masyakarat Jawa yang sudah begitu terpengaruh kuat dengan tradisi dan kepercayaan sebelumnya bisa dengan mudah menerima ajaran Islam. Muatan-muatan Islam pun disampaikan oleh Sunan menggunakan metode tersebut.
Salah satunya adalah melalui tradisi megengan. Melalui tradisi ini, Sunan ingin mengingatkan dan menyebarkan makna dari memohon maaf menjelang bulan suci Ramadhan. Hal itu pun disimbolkan dengan apem yang diambil dari kata afwan. Oleh karena lidah orang Jawa dulu susah mengucapkan kata tersebut, jadilah kata apem.
Demikian, kira-kira makna filosofi yang terkandung di dalam makanan cemilan bernama apem. Dalam perkembangannya, makanan ini juga banyak dijumpai di tempat-tempat penjaja makanan tradisional. Tidak saja di hari tertentu, makanan ini bahkan dengan mudah dijumpai pada hari-hari biasa, khususnya di wilayah Solo dan Jogja. Makanan ini juga kerap menjadi suguhan untuk tamu atau dalam acara-acara hajatan. Demikian halnya saat puasa tiba, makanan ini juga bisa menjadi alternatif menu takjil saat buka puasa Ramadhan.